SMK Candra Naya d/h SAA (SMF) Candra Naya didirikan pada tanggal 1 Agustus 1952 oleh Drs. Liem Mo Djan, dr. Ang Sing An, Drs. Kwee Hwat Djien dan Drs. Tan Tek Seng (Drs. Budimulia Tansuri), pada awalnya dikenal dengan nama kursus pembantu Ahli Farmasi Sin Ming Hui dengan masa pendidikan 2 tahun dengan 5 (lima) orang guru, antara lain Drs. Buiter, Apoteker dan para dokter dari lembaga propaganda kesehatan Sin Ming Hui. Angkatan perdana berjumlah 30 orang siswa berijazah SMP bagian B/sederajat. Peresmian dilakukan oleh Drs. Looho yang pada waktu itu adalah Inspektur Farmasi Departemen Kesehatan RI, terletak di Jl. Gajah Mada No. 188, Jakarta Pusat. Tahun 1993 berpindah lokasi di Jl. Jembatan Besi II No. 26, Jakarta Barat.
Pada tahun 1953 pemerintah menetapkan kurikulum baru, sehingga masa pendidikan menjadi 3 tahun untuk mereka yang berijazah SMP bagian B/sederajat dan 2 tahun untuk yang berijazah SMA bagian B/sederajat.
Dalam perkembangannya kursus ini terbentur pada biaya yang terus menerus meningkat dan oleh karena pimpinan harian ditangan para dokter lembaga pendidikan kesehatan, maka akhirnya kursus ini dianggap sebagai bagian dari LPK.
Pada tahun 1969-1970 dibangun 3 buah gedung yang terdiri dari 2 buah gedung berlantai 2 dan 1 gedung berlantai 3, mengingat saat itu Perhimpunan Sosial Candra Naya terus berkembang dalam hal jumlah siswanya mulai dari tingkat SD, SMP, SMA dan SMF bahkan pada awal berdirinya Universitas Tarumanagara, para mahasiswanya sementara menumpang kuliah digedung Sekolah Candra Naya.
Dengan semakin besarnya permintaan akan tenaga Asisten Apoteker, maka satu dasawarsa lebih SAA Candra Naya tiap tahun menampung lebih kurang 220 siswa yang terbesar diantara sekolah menengah farmasi di Jakarta. Namun karena jumlah tenaga Asisten Apoteker yang dihasilkan di Indonesia makin besar, akan tetapi perkembangan dunia farmasi waktu itu belum cukup untuk menampung siswa yang lulus, maka pemerintah mengeluarkan peraturan bahwa tiap sekolah hanya boleh menerima siswa baru sebanyak 2 (dua) kelas dengan maksimal 60 siswa.
Sejak berdirinya pada tahun 1952 istilah SAA berganti beberapa kali, mulai dari kursus Pembantu Ahli Farmasi lalu berganti Sekolah Asisten Apoteker (SAA), kemudian menjadi Sekolah Menengah Farmasi (SMF). Sesuai dengan UU Sisdiknas No. 23 Tahun 2003, semua pendidikan harus berada dibawah binaan kementerian pendidikan, maka pada tahun 2004 SMF Candra Naya beralih bina ke Dinas Pendidikan dan merubah nomenklaturnya menjadi Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) dengan kompetensi keahlian Farmasi yang saat ini dikenal dengan nama SMK Candra Naya.
Tahun 2018/2019, SMK Candra Naya, telah mengembangkan kompetensi keahlian menjadi 3 kompetensi :
1. Farmasi
2. Teknik Komputer & Jaringan
3. Multimedia
SMK Candra Naya pada tahun 2018 telah melakukan re-Akreditasi dan memperoleh hasil Akreditasi : Terakreditasi Unggul dengan nilai 97,00 (A)